Les premières traces de Lerici dans l’histoire remontent à l'époque étrusque, quand avec toute probabilité fut établi le premier village. Dans le temps, la position particulière fit de Lerici un port naturel, avant pour les Liguriens, puis pour les Romains.
Durant le Moyen-âge, la baie servit comme abordage et escale, avant pour la famille des Obertenghi et puis pour les Malaspina.
Mais c’est avec la république maritime de Gênes que Lerici commença à assumer un rôle plus important. Après avoir acquis Portovenere et en avoir fait une base pour contrôler le golfe de la Spezia, Gênes vint en possession de Lerici, en négociant avec les seigneurs de Vezzano et d’Arcola, qui étaient les vassaux de la localité.
En 1152, à Portovenere, fut signé l’acte avec lequel Giulenzio, Butafara et Girardo pour Arcola et Guido, Bellengerio, Alberto, Girardo et Enrico pour Vezzano cédaient Lerici pour 29 et 10 lires à Lucques. L'installation de la République de Gênes dans cette partie du golfe et ses cibles expansionnistes vers l’Est s’affrontèrent avec la famille Malaspina: ceux-ci furent battus en 1174 à Monleone, et furent contraints à souscrire un pacte dans lequel ils étaient obligés, entre autre de quitter Lerici. Dans les années suivantes le bourg de Lerici vit accroître son importance.
La position géographique et l’absence de fortifications en avaient fait un lieu désigné aux négociations pour mettre fin à la guerre entre Gênes et Pise.
Ce fut justement ici, en 1217, que fut stipulé un traité de paix entre elles.
L’affrontement naval de l’Isola del Giglio, en 1241, résolu avec la victoire de Pise sur la flotte génoise, marqua le destin de Lerici.
La République maritime toscane, en effet, occupa la baie et l’accostage, peut être sans rencontrer aucune résistance.
Les pisans tentèrent de passer la protection du Portovenere mais furent repoussés et pour cela décidèrent de fortifier Lerici, ils commencèrent à protéger le bourg avec l'édification des murs. La possession pisane ne dura pas longtemps; en 1254 la défaite de Pise par les génois imposa la restitution du château et du port de Lerici. Gênes mit main sur le développement des défenses de Lerici, renforça le château et après quelques années reconstruit le bourg fortifié.